Jorge Amigo Lechuga


PERSONAL INFORMATION

Name: Jorge Amigo Lechuga

Date of birth: April 14th, 1977. La Coruña, Spain.

Address: Santiago de Compostela, Spain (map)

E-mail: alpof at yahoo.com


PROFESIONAL EXPERIENCE

Genomic Medicine Group, Clinic University Hospital of Santiago - University of Santiago de Compostela.
Job: Analysis, creation and implementation of bioinformatics developments.
Year 2003 - present. Santiago de Compostela, Spain.

Technological Research Institute, Laboratory of Systems.
Job: Programming and web design.
Duration 21 months.
Years 2001 - 2002. Santiago de Compostela, Spain.

R (Galician Cable Group), Information Technologies, Spatial Systems group.
Job: Database management and client support.
Duration 6 months.
Year 2000. La Coruña, Spain.


ACADEMIC BACKGROUND

Doctor of Molecular Medicine.
April 2013. University of Santiago de Compostela, Spain.

Master in Biosystems and Informatics.
September 2003. University of Liverpool, United Kingdom.

Bachelor of Science in Physical Sciences, specialized in Electronics and Computing.
September 2000. University of Santiago de Compostela, Spain.


PUBLICATIONS

Rodríguez-López J, Sobrino B, Amigo J, Carrera N, Brenlla J, Agra S, Paz E, Carracedo Á, Páramo M, Arrojo M, Costas J.
Identification of putative second genetic hits in schizophrenia carriers of high-risk copy number variants and resequencing in additional samples.
Eur Arch Psychiatry Clin Neurosci. 2017 Apr 18. doi: 10.1007/s00406-017-0799-5

Gago-Díaz M, Ramos-Luis E, Zoppis S, Zorio E, Molina P, Braza-Boïls A, Giner J, Sobrino B, Amigo J, Blanco-Verea A, Carracedo Á, Brion M.
Postmortem genetic testing should be recommended in sudden cardiac death cases due to thoracic aortic dissection.
Int J Legal Med. 2017 Apr 8. doi: 10.1007/s00414-017-1583-9

P. Cacheiro, A. Ordóñez-Ugalde, B. Quintáns, S. Piñeiro-Hermida, J. Amigo, M. García-Murias, S. I. Pascual-Pascual, F. Grandas, J. Arpa, A. Carracedo, M. J. Sobrido.
Evaluating the Calling Performance of a Rare Disease NGS Panel for Single Nucleotide and Copy Number Variants.
Mol Diagn Ther. 2017 March 13; doi:10.1007/s40291-017-0268-x

Abuín JM, Pichel JC, Pena TF, Amigo J.
SparkBWA: Speeding Up the Alignment of High-Throughput DNA Sequencing Data.
PLoS One. 2016 May 16;11(5):e0155461. doi: 10.1371/journal.pone.0155461

González-Peñas J, Amigo J, Santomé L, Sobrino B, Brenlla J, Agra S, Paz E, Páramo M, Carracedo Á, Arrojo M, Costas J.
Targeted resequencing of regulatory regions at schizophrenia risk loci: Role of rare functional variants at chromatin repressive states.
Schizophr Res. 2016 Apr 8. pii: S0920-9964(16)30121-9. doi: 10.1016/j.schres.2016.03.029

C Phillips, W Parson, J Amigo, JL King, MD Coble, CR Steffen, PM Vallone, KB Gettings, JM Butler, B Budowle.
D5S2500 is an ambiguously characterized STR: Identification and description of forensic microsatellites in the genomics age.
Forensic Sci Int Genet. 2016 Mar; 23:19-24. doi: 10.1016/j.fsigen.2016.03.002

Alvarez-Mora MI, Calvo Escalona R, Puig Navarro O, Madrigal I, Quintela I, Amigo J, Martinez-Elurbe D, Linder-Lucht M, Aznar Lain G, Carracedo A, Mila M, Rodriguez-Revenga L.
Comprehensive molecular testing in patients with high functioning autism spectrum disorder.
Mutat Res. 2016 Jan 6;784-785:46-52. doi: 10.1016/j.mrfmmm.2015.12.006

Abuín JM, Pichel JC, Pena TF, Amigo J.
BigBWA: Approaching the Burrows-Wheeler Aligner to Big Data Technologies.
Bioinformatics. 2015 Dec 15;31(24):4003-4005. doi: 10.1093/bioinformatics/btv506

Allegue C, Coll M, Mates J, Campuzano O, Iglesias A, Sobrino B, Brion M, Amigo J, Carracedo A, Brugada P, Brugada J, Brugada R.
Genetic Analysis of Arrhythmogenic Diseases in the Era of NGS: The Complexity of Clinical Decision-Making in Brugada Syndrome.
PLoS One. 2015 Jul 31;10(7):e0133037. doi: 10.1371/journal.pone.0133037

Phillips C, Amigo J, Carracedo Á, Lareu MV.
Tetra-allelic SNPs: Informative forensic markers compiled from public whole-genome sequence data.
Forensic Sci Int Genet. 2015 Jul 13;19:100-106. doi: 10.1016/j.fsigen.2015.06.011

Castro-Fernández C, Arias M, Blanco-Arias P, Santomé-Collazo L, Amigo J, Carracedo Á, Sobrido MJ.
Targeted NGS meets expert clinical characterization: Ef fi cient diagnosis of spastic paraplegia type 11.
Applied & Translational Genomics. 2015 Jun 26. doi:10.1016/j.atg.2015.05.005

Suárez-Rama JJ, Arrojo M, Sobrino B, Amigo J, Brenlla J, Agra S, Paz E, Brión M, Carracedo Á, Páramo M, Costas J.
Resequencing and association analysis of coding regions at twenty candidate genes suggest a role for rare risk variation at AKAP9 and protective variation at NRXN1 in schizophrenia susceptibility.
J Psychiatr Res. 2015 Apr 22. pii: S0022-3956(15)00116-8. doi: 10.1016/j.jpsychires.2015.04.013

Santos C, Phillips C, Oldoni F, Amigo J, Fondevila M, Pereira R, Carracedo A, Lareu MV.
Completion of a worldwide reference panel of samples for an ancestry informative Indel assay.
Forensic Sci Int Genet. 2015 Mar 25;17:75-80. doi: 10.1016/j.fsigen.2015.03.011

Rodriguez-López J, Carrera N, Arrojo M, Amigo J, Sobrino B, Páramo M, Paz E, Agra S, Ramos-Ríos R, Brenlla J, Carracedo Á, Costas J.
An efficient screening method for simultaneous detection of recurrent copy number variants associated with psychiatric disorders.
Clin Chim Acta. 2015 Mar 19. pii: S0009-8981(15)00145-X. doi: 10.1016/j.cca.2015.03.013

Gómez-Carballa A, Pardo-Seco J, Amigo J, Martinón-Torres F, Salas A.
Mitogenomes from The 1000 Genome Project reveal new Near Eastern features in present-day Tuscans.
PLoS One. 2015 Mar 18;10(3):e0119242. doi: 10.1371/journal.pone.0119242

Pardo-Seco J, Gómez-Carballa A, Amigo J, Martinón-Torres F, Salas A.
A Genome-Wide Study of Modern-Day Tuscans: Revisiting Herodotus's Theory on the Origin of the Etruscans.
PLoS One. 2014 Sep 17;9(9):e105920. doi: 10.1371/journal.pone.0105920

Gago-Díaz M, Blanco-Verea A, Teixidó-Turà G, Valenzuela I, Del Campo M, Borregan M, Sobrino B, Amigo J, García-Dorado D, Evangelista A, Carracedo A, Brion M.
Whole exome sequencing for the identification of a new mutation in TGFB2 involved in a familial case of non-syndromic aortic disease.
Clin Chim Acta. 2014 Jul 18. pii: S0009-8981(14)00303-9. doi: 10.1016/j.cca.2014.07.016

Brion M, Blanco-Verea A, Sobrino B, Santori M, Gil R, Ramos-Luis E, Martinez M, Amigo J, Carracedo A.
Next generation sequencing challenges in the analysis of cardiac sudden death due to arrhythmogenic disorders.
Electrophoresis. 2014 Nov;35(21-22):3111-6. doi: 10.1002/elps.201400148

Fernández-Marmiesse A, Morey M, Pineda M, Eiris J, Couce ML, Castro-Gago M, Fraga JM, Lacerda L, Amigo J, Tonda R, Gouveia S, Pérez-Poyato MS, Armstrong J, Castiñeiras D, Cocho JA.
Assessment of a targeted resequencing assay as a support tool in the diagnosis of lysosomal storage disorders.
Orphanet J Rare Dis. 2014 Apr 25;9:59. doi: 10.1186/1750-1172-9-59

Balboa-Beltran E, Fernández-Seara MJ, Pérez-Muñuzuri A, Lago R, García-Magán C, Couce ML, Sobrino B, Amigo J, Carracedo A, Barros F.
A novel stop mutation in the vascular endothelial growth factor-C gene (VEGFC) results in Milroy-like disease.
J Med Genet. 2014 Apr 17. doi: 10.1136/jmedgenet-2013-102020

Phillips C, Fernandez-Formoso L, Gelabert-Besada M, García-Magariños M, Amigo J, Carracedo Á, Lareu MV.
Global population variability in Qiagen Investigator HDplex STRs.
Forensic Sci Int Genet. 2014 Jan;8(1):36-43. doi: 10.1016/j.fsigen.2013.07.006

Pardo-Seco J, Amigo J, González-Manteiga W, Salas A.
A Generalized Model to Estimate the Statistical Power in Mitochondrial Disease Studies Involving 2×k Tables.
PLoS One 2013 Sep 27. doi:10.1371/journal.pone.0073567

Amigo J, Salas A, Costas J, Carracedo Á.
GDF: Dealing with High-throughput Genotyping Multiplatform Data for Medical and Population Genetic Applications.
J Proteomics Bioinform 2012;5:001-006. doi: 10.4172/jpb.1000206

Catelli ML, Alvarez-Iglesias V, Gomez-Carballa A, Mosquera-Miguel A, Romanini C, Borosky A, Amigo J, Carracedo A, Vullo C, Salas A.
The impact of modern migrations on present-day multi-ethnic Argentina as recorded on the mitochondrial DNA genome.
BMC Genet. 2011 Aug 30;12(1):77. doi: 10.1186/1471-2156-12-77
JCR IF: 2.475

Haworth A, Bertram L, Carrera P, Elson JL, Braastad CD, Cox DW, Cruts M, den Dunnen JT, Farrer MJ, Fink JK, Hamed SA, Houlden H, Johnson DR, Nuytemans K, Palau F, Rayan DL, Robinson PN, Salas A, Schüle B, Sweeney MG, Woods MO, Amigo J, Cotton RG, Sobrido MJ.
Call for participation in the neurogenetics consortium within the Human Variome Project.
Neurogenetics 2011 Aug;12(3):169-73. doi: 10.1007/s10048-011-0287-4
JCR IF: 3.354

Amigo J, Salas A, Phillips C
ENGINES: exploring single nucleotide variation in entire human genomes.
BMC Bioinformatics 2011 Apr 19;12:105. doi: 10.1186/1471-2105-12-105
JCR IF: 2.751

Chang CL, Cai JJ, Lo C, Amigo J, Park JI, Hsu SY.
Adaptive selection of an incretin gene in Eurasian populations.
Genome Res. 2011 Jan;21(1):21-32. doi: 10.1101/gr.110593.110
JCR IF: 13.638

Salas A, Amigo J
A Reduced Number of mtSNPs Saturates Mitochondrial DNA Haplotype Diversity of Worldwide Population Groups.
PLoS One 2010 May 3;5(5):e10218. doi:10.1371/journal.pone.0010218
JCR IF: 4.411

C. Phillips, L. Fernandez-Formoso, M. Garcia-Magariños, L. Porras, T. Tvedebrink, J. Amigo, M. Fondevila, A. Gomez-Tato, J. Alvarez-Dios, A. Freire-Aradas, A. Gomez-Carballa, A. Mosquera-Miguel, Á. Carracedo, M.V. Lareu
Analysis of global variability in 15 established and 5 new European Standard Set (ESS) STRs using the CEPH human genome diversity panel.
Forensic Sci Int Genet. 2011 Jun;5(3):155-69. doi: 10.1016/j.fsigen.2010.02.003
JCR IF: 2.877

Ortiz-Barahona A, Villar D, Pescador N, Amigo J, del Peso L
Genome-wide identification of hypoxia-inducible factor binding sites and target genes by a probabilistic model integrating transcription-profiling data and in silico binding site prediction.
Nucleic Acids Res. 2010 Apr;38(7):2332-45. doi: 10.1093/nar/gkp1205
JCR IF: 7.836

Amigo J, Phillips C, Salas T, Fernández Formoso L, Carracedo A, Lareu M
pop.STR - An online population frequency browser for established and new forensic STRs.
Forensic Sci. Int. Gene. Suppl. 2009. doi:10.1016/j.fsigss.2009.08.178
JCR IF: 2.241

Amigo J, Phillips C, Salas A, Carracedo A
Viability of in-house datamarting approaches for population genetics analysis of SNP genotypes.
BMC Bioinformatics 2009 Mar 19;10 Suppl 3:S5. doi: 10.1186/1471-2105-10-S3-S5
JCR IF: 3.428

Amigo J, Salas A, Phillips C, Carracedo A
SPSmart: adapting population based SNP genotype databases for fast and comprehensive web access.
BMC Bioinformatics 2008 Oct 10;9:428. doi: 10.1186/1471-2105-9-428
JCR IF: 3.781

Morcillo-Suarez C, Alegre J, Sangros R, Gazave E, de Cid R, Milne R, Amigo J, Ferrer-Admetlla A, Moreno-Estrada A, Gardner M et al
SNP analysis to results (SNPator): a web-based environment oriented to statistical genomics analyses upon SNP data.
Bioinformatics 2008 Jul 15;24(14):1643-4. doi: 10.1093/bioinformatics/btn241
JCR IF: 4.328

Amigo J, Phillips C, Lareu M, Carracedo A
The SNPforID browser: an online tool for query and display of frequency data from the SNPforID project.
Int J Legal Med 2008 Sep;122(5):435-40. doi: 10.1007/s00414-008-0233-7
JCR IF: 2.574


BOOK CHAPTERS

Virginia Mato Abad, Alejandro Pazos Sierra, Javier Pereira Loureiro, Cristian Robert Munteanu, Nieves Pedreira Souto, Marcos Marínez Romero, José Manuel Vázquez Naya, Jorge Amigo Lechuga.
Herramientas bioinformáticas para la investigación en cáncer colorrectal.
Abordaje multidisciplinar de cáncer colorrectal. pp. 515 - 532.
Santiago de Compostela, Galicia(Spain): Andavira, 05/2015. ISBN 978-84-8408-795-3


PROJECTS

InTegración de datos ómicOs GerminalEs y Tumorales para la identificación de nuevos genes de susceptibilidad HerEditaria a cáncer colorRectal (TOGETHER).
Code: PI17/00509.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Clara Ruiz Ponte.
Years 2018 - 2020. Santiago de Compostela, España.

ReSVinext: Estudio integrado y traslacional de la infección por Virus Respiratorio Sincitial.
Code: PI16/01569.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Federico Martinón Torres.
Years 2017 - 2019. Santiago de Compostela, España.

Descubrimiento y validación de marcadores farmacogenéticos de toxicidad para quimioterapia con fluoropirimidinas, oxaliplatino e irinotecan en cáncer colorrectal.
Code: PI16/01057.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2017 - 2019. Santiago de Compostela, España.

PanCanRisk: Personalised bioinformatics for global cancer susceptibility identification and clinical management.
Code: GA nº 635290.
Funding: European Commission.
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2015 - 2018. Santiago de Compostela, España.

B-CAST: Breast CAncer STratification: understanding the determinants of risk and prognosis of molecular subtypes.
Code: GA nº 633784.
Funding: European Commission.
Principal Investigator: Markanja Schmidt.
Years 2015 - 2018. NKI ALV.

Poliposis adenomatosa familiar de origen no filiado: Identificación de nuevos genes de predisposición a cáncer colorrectal mediante secuenciación de exomas.
Code: PI14/00230.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Clara Ruiz Álvarez.
Years 2015 - 2017. Santiago de Compostela, España.

Construcción de un array de variación funcional en exomas de población española: Búsqueda de genes implicados en cáncer colorrectal y en respuesta al tratamiento quimioterápico.
Code: PI13/01136.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2014 - 2016. Santiago de Compostela, España.

Vacunómica aplicada a la infección por rotavirus-ROTANEXT.
Code: PI13/02382.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Federico Martinón Torres.
Years 2014 - 2016. Santiago de Compostela, España.

FORMIGA: Proyecto integrado para el análisis FORense del genoma Mitocondrial en GAlicia.
Code: EM2012/045.
Funding: Xunta de Galicia - Consellería de Educación.
Principal Investigator: Antonio Salas Ellacuriaga.
Years 2012 - 2015. Santiago de Compostela, España.

Exome sequencing of schizophrenic patients with microdeletions and microduplications conferring high risk of schizophrenia and other neurodevelopmental disorders.
Code: CP11/00163.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Javier Costas Costas.
Years 2012 - 2014. Santiago de Compostela, España.

GEN3VIP.
Code: CN 2012/013.
Funding: Xunta de Galicia - Consellería de Educación.
Principal Investigator: José María Martinón Sánchez.
Years 2012 - 2013. Santiago de Compostela, España.

Searching new SCAs genes: an exome sequencing approach.
Code: PTDC/SAU-GMG/117927/2010.
Funding: Gobierno de Portugal - FCT.
Principal Investigator: Conceição Félix Bettencourt.
Years 2011 - 2014. IBMC/UP, Portugal.

REGID: Red Galega de Investigación e Desenvolvemento de Medicamentos.
Code: CN 2012/069.
Funding: Xunta de Galicia - Consellería de Educación.
Principal Investigator: María Isabel Loza García.
Years 2012 - 2013. Santiago de Compostela, España.

REGICC: Rede Galega de Cancer Colorectal.
Code: CN 2012/217.
Funding: Xunta de Galicia - Consellería de Educación.
Principal Investigator: Alejandro Pazos Sierra.
Years 2012 - 2013. A Coruña, España.

Genómica del cáncer colorrectal de aparición temprana: Análisis de CNVs raros y secuenciación masiva.
Code: PI11/00681.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Clara Ruiz Ponte.
Years 2012 - 2014. Santiago de Compostela, España.

Análisis avanzado e interpretación de los datos producidos con sistemas de ultra-secuenciación de bajo coste para aplicaciones en el ámbito clínico (APLICLINICS LC-NGS).
Code: IPT-2011-0963-900000.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: INTEGROMICS SL.
Years 2012 - 2014. Madrid, España.

Proyecto Gen-D-Res: Evaluación de la influencia del componente genético y de los niveles de vitamina D en la susceptibilidad individual y pronóstico de la infección por virus influenza, virus respiratorio sincitial y otros virus respiratorios.
Code: PI10/0540.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Federico Martinón-Torres.
Years 2010 - 2012. Santiago de Compostela, España.

REGENPSI: Rede Galega de Xenética de enfermedades Neurolóxicas e Psiquiátricas.
Code: 2009/019.
Funding: Xunta de Galicia - Consellería de Educación.
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2009 - 2010. Santiago de Compostela, España.

Genética y farmacogenética en cáncer colorrectal.
Code: PS09/02368.
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2009 - 2012. Santiago de Compostela, España.

CIBER Enferemedades Raras
Funding: Gobierno de España - MINECO (ISCIII).
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2008 - actualidad. Santiago de Compostela, España.

Consolidación e estruturación de unidades de investigación competitivas: agrupacións estratéxicas.
Funding: Xunta de Galicia y fondos FEDER.
Principal Investigator: Carlos Diéguez.
Years 2009 - 2010. Santiago de Compostela, España.

Análise xenómica global (GWAs) nunha mostra de control da poboación galega para a procuera de xenes implicados en enfermidades complexas.
Code: PGIDT08CSA005208PR.
Funding: Xunta de Galicia - I+D.
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2008 - 2011. Santiago de Compostela, España.

Aplicaciones biomédicas del estudio genómico poblacional del genoma mitocondrial.
Funding: Fundación Investigación Médica Mutua Madrileña Automovilística.
Principal Investigator: Antonio Salas Ellacuriaga.
Years 2008 - 2010. Santiago de Compostela, España.

Centro Nacional de Genotipado (CeGen), Universidad de Santiago de Compostela.
Funding: Fundación Genoma España.
Principal Investigator: Ángel Carracedo Álvarez.
Years 2003 - 2009. Santiago de Compostela, España.

Estudio xenómico da dinámica evolutiva dos elementos móbiles da Drosophila.
Code: PGIDIT05PXIA20801AF.
Funding: Xunta de Galicia - I+D.
Principal Investigator: Xulio Maside Rodríguez.
Years 2005 - 2006. Santiago de Compostela, España.

Estructura electrónica, magnetismo y magnetoresistencia de las multicapas Fe/Cr/Fe, Fe/Mn/Fe, Fe/Cu/Fe y Fe/Ag/Fe con técnicas ab initio usando DFT (teoría de la densidad del funcional).
Funding: Secretaría Xeral de Investigación e Desenvolvemento - Xunta de Galicia.
Principal Investigator: Daniel Baldomir Fernández.
Years 2002 - 2005. Santiago de Compostela, España.

Animal Genomics Laboratory, University of Liverpool. Evaluación
Diseño e implementación de software bioinformático de detección de SNPs.
Junio - Septiembre 2003. Liverpool, Reino Unido.

Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica, Institut Municipal d'Investigació Mèdica - Universitat Pompeu Fabra.
Colaboración con los profesores Roderic Guigó y Ferrán Sanz para el desarrollo e implementación de recursos bioinformáticos.
Enero - Febrero 2002. Barcelona, España.

Departamento de Medicina Legal, facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela.
Colaboración con D. Ángel Carracedo en labores de automatización de rutinas de investigación y de laboratorio.
Septiembre - Diciembre 2001. Santiago de Compostela, España.

Departamento de Fisiología, facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela.
Colaboración en labores técnicas y de programación con el doctor Francisco González.
Febrero - Mayo 2000. Santiago de Compostela, España.


LECTURING

Computational Genomics.
M.Sc. Biological Sciences.
Enero 2015. Vigo, España.


EVENTS PARTICIPATION

Sousa E Silva L., Besada Cerecedo L., Lamas Gonzalez O., Sobrino Rey B., Regueiro Casuso P., Amigo Lechuga J., Barros Angueira F., Carracedo Alvarez A., Díaz Rodríguez C., García González M.
NEFROCHUS: A new model for genetic characterization of patients with hereditary kidney disease.
Poster at 2º Congreso de la Sociedad Gallega de Nefrología.
October 2015. Ferrol, Spain.

Patricia Blanco Arias, Ángel Sesar Ignacio, Alfredo Puy Núñez, José Luis Santomé Collazo, Jorge Amigo Lechuga, Cristina Castro Fernández, Francisco Barros Angueira, Beatriz Sobrino Rey, Inés Quintela García, Ángel Carracedo Álvarez, Ernesto Cebrián Pérez, Alfonso Castro García, María Jesús Sobrido Gómez.
Análisis molecular de dos casos de coreoacantocitosis por ultrasecuenciación.
Poster at XXVIII Congreso Nacional de Genética Humana.
May 2015. Palma de Mallorca, Spain.

O. Lamas González, L. Sousa Silva, B. Sobrino Rey, I. Besada Cerecedo, H. Covelo Molares, P. Regueiro Casuso, F. Brros Angueira, A. Carracedo Álvarez, C. Díaz Rodríguez, M. García González.
Development and characterization of the first Diagnosis/Prognostic test for all primary tubulopathies.
Poster at XLIV Congreso Nacional de la Sociedad Española de Nefrología.
October 2014. Barcelona, Spain.

H. Covelo Molares, L. Sousa Silva, O. Lamas González, M. Sánchez Ares , I. Besada Cerecedo, P. Regueiro Casuso, F. Brros Angueira, C. Díaz Rodríguez, A. Carracedo Álvarez, M. García González.
Development and characterization of the first Diagnosis/Prognostic test for all hereditary glomerular diseases.
Poster at XLIV Congreso Nacional de la Sociedad Española de Nefrología.
October 2014. Barcelona, Spain.

L. Sousa Silva, O. Lamas González, H. Covelo Molares, P. Regueiro Casuso, F. Arrojo Alonso, C. Vázquez Gómez, A. Carracedo Álvarez, C. Díaz Rodríguez, J. Amigo Lechuga, M. García González.
Nefrochus: First diagnosis/prognosis tests for all hereditary kidney diseases.
Poster at XLIV Congreso Nacional de la Sociedad Española de Nefrología.
October 2014. Barcelona, Spain.

M. Lara Besada, L. Sousa Silva, O. Lamas González, B. Sobrino Rey, J. Amigo Lechuga, O. Lamas González, H. Covelo Molares, P. Regueiro Casuso, A. Carracedo Álvarez, C. Díaz Rodríguez, M. García González.
Validation of a genetic and functional test for prognosis and diagnosis of all cystic kidney diseases.
Poster at XLIV Congreso Nacional de la Sociedad Española de Nefrología.
October 2014. Barcelona, Spain.

Lisbeth Silva, Olaya Lamas González, Beatriz Sobrino, Marina García Vida, Jorge Amigo Lechuga, Lara Besada, Helena Covelo, Patricia Regueira Caruso, Francisco Barros Angueira, Cándido Díaz Rodríguez, Ángel Carracedo, Miguel Ángel García Gónzález.
First diagnostic/prognostic tests for all hereditary kidney diseases.
Poster at Encontro Renal 2014.
April 2014. Vilamoura, Portugal.

Ion Torrent User Experience Tour.
October 2012. Santiago de Compostela, Spain.

NGS Bioinformatics.
Oral presentation at Workshop in Bioinformatics.
June 2012. Santiago de Compostela.

C. Phillips, J. Amigo, A. Salas.
Exploring 1000 Genomes Data For Forensic Purposes Using The ENGINES SNP Browser.
Poster at ISFG.
Sep 2011. Vienna, Austria.

Next-Generation DNA Sequencing.
January 2010. London, UK.

II Jornada Gallega de Bioinformática.
Organizing Comitee.
December 2009. Santiago de Compostela, Spain.

HVP - Spotlight on Neurogenetics.
October 2009. Honolulu, Hawaii.

J. Amigo, C. Phillips, A. Salas.
Viability of In-House Datamarting Approaches for Population Genetics Analysis of SNP Genotypes.
Oral presentation at DTMBIO 2008.
October 2008. Napa, USA.

J. Amigo, A. Salas, C. Phillips, Á. Carracedo.
The SPSmart SNP allele frequency browser: an online tool for forensic SNP marker development.
Poster at DNA in Forensics.
May 2008. Ancona, Italy.

Jorge Amigo, Antonio Salas, Christopher Phillips and Ángel Carracedo.
SPSmart: a data mining tool for retrieving data from populational databases.
Poster at VIII Jornadas de Bioinformática.
February 2008. Valencia, Spain.

Jorge Amigo-Lechuga, Christopher Phillips, Ángel Carracedo.
SNPforID Browser: graphical display of the SNPforID project results.
Poster at BIRD'07.
March 2007. Berlin, Germany.

Amigo-Lechuga, J. and Carracedo, A.
GDF: A High-Throughput Multiplatform Genotyping Filter.
Poster at ECCB05.
September 2005. Madrid, Spain.

Amigo-Lechuga, J. and Carracedo, A.
GDF: A High-Throughput Multiplatform Filter for Genotyping Data.
Poster at Genomic Studies and the HapMap, International Haplotype Map Project Conference.
March 2005. Oxford, UK.

J. Amigo-Lechuga, F. Barros, C. Ruiz-Ponte, M. Torres, I. Quintela, C. Phillips, A. Carracedo.
Filtrado automático de muestras con alteraciones genómicas en proyectos de genotipado de alto rendimiento basados en MALDI-TOF.
Poster at I Congreso Nacional sobre Farmacogenética y Farmacogenómica.
January 2005. Valencia, Spain.

F. Barros, C. Ruiz-Ponte, M. Torres, J. Amigo-Lechuga, I. Quintela, C. Phillips, A. Carracedo.
Análisis de alto rendimiento de deleciones y duplicaciones de interés clínico y farmacológico mediante MALDI-TOF.
Poster at I Congreso Nacional sobre Farmacogenética y Farmacogenómica.
January 2005. Valencia, Spain.

Chris Phillips, María Torres, Inés Quintela, Jorge Amigo-Lechuga, Angel Carracedo.
Establishing and Running a High-throughput SNP Genotyping Facility Using MALDI-TOF Spectrometry.
Poster at I Congreso Nacional sobre Farmacogenética y Farmacogenómica.
January 2005. Valencia, Spain.

Noyes H.A.; Kemp S.J.; Broadhead A.; Morton, I.G.; Amigo-Lechuga, J.; Hughes M.; Rennie K.
SNPLAD; A SNP Discovery Pipeline for Identifying Candidate SNP in Public EST Trace Files.
Poster at 18th International Mouse Genome Conference.
October 2004. Seattle, EEUU.


COMPLEMENTARY FORMATION

Efective management of time and priorities.
Venue: University Santiago de Compostela. Santiago de Compostela, Spain.
Duration: 16 hours.
Date: March 2012.

Next generation sequencing for population and medical genomics.
Venue: University Pompeu Fabra. Barcelona, Spain.
Duration: 40 hours.
Date: September 2012.

Formative tutorials in computational biomedicine.
Venue: University of A Coruña. A Coruña, Spain.
Duration: 15 hours.
Date: June 2011.

VII Internation Course of Massive Data Analysis.
Venue: Centro de Investigación Príncipe Felipe. Valencia, Spain.
Duration: 40 hours.
Date: March 2011.

SOLiD Basic Bioinformatics Training.
Venue: Life Technologies GmbH. Darmstadt, Germany.
Duration: 12 hours.
Date: March 2010.

Assembling and annotating genomes using supercomputers.
Venue: Instituto de Empresa de Segovia. Segovia, Spain.
Duration: 30 hours.
Date: November 2010.

EBI Bioinformatics Roadshow.
Venue: University of Santiago de Compostela, Spain.
Duration: 24 hours.
Date: May 2009.

Entorno Estadístico R (EER).
Venue: University of Santiago de Compostela, Spain.
Duration: 30 hours.
Date: July 2008.

Technology Seminar of the National Bioinformatics Institute.
Venue: University of Santiago de Compostela, Spain.
Duration: 7 hours.
Date: May 2008.

Programación paralela utilizando directivas OpenMP.
Venue: University of Santiago de Compostela, Spain.
Duration: 15 hours.
Date: November 2007.

Ensembl Genome Browser Workshop, and Ensembl Database and API Workshop by the EBI
Venue: Centro de Investigación Príncipe Felipe. Valencia, Spain.
Duration: 14 hours.
Date: September 2005.

PHP + MySQL: LAMP environment webs.
Venue: University of Santiago de Compostela, Spain.
Duration: 20 hours.
Date: May 2004.

Bioinformatics System Management Workshop by the EMBnet.
Venue: Université Libre de Bruxelles. Gosselies, Belgium.
Duration: 20 hours.
Date: April 2004.

Summer course on Bioinformatics by the Alfredo Brañas Foundation and the Bioinformatics Galician Network.
Venue: Poio, Spain.
Duration: 20 hours.
Date: July 2002.

Course on Bioinformatics by professor Roderic Guigó, Mar Albá and Robert Castell.
Venue: Pompeu Fabra University. Barcelona, Spain.
Duration: 85 hours.
Date: January - March 2002.


LANGUAGES

English: Fluent.

Italian: Basic knowledge.

Spanish and Galician: Mother tongues.


INFORMATIC KNOWLEDGE

Operating Systems
Windows, Linux, UNIX, MacOS.

Programming Languages
Perl, awk, sed, shell scripting, R, PHP, Javascript, JQuery, ASP, SQL, HTML, XHTML, CSS, XML, CMS, Java, Python, C++, Visual Basic.