DATOS PERSONALESNombre: Jorge Amigo Lechuga
Fecha de nacimiento: 14 de abril de 1977. La Coruña, España.
Dirección: Santiago de Compostela, España (mapa)
E-mail: alpof at yahoo.com
EXPERIENCIA PROFESIONAL
Grupo de Medicina Xenómica, Hospital Clínico Universitario de Santiago de Compostela.
Labor: Análisis, desarrollo, implementación y mantenimiento de herramientas bioinformáticas.
Año 2003 - actualidad. Santiago de Compostela, España.
Instituto de Investigaciones Tecnológicas, Laboratorio de Sistemas.
Labor: Diseño web y programación.
Duración: 1 año y 9 meses.
Año 2001 - 2003. Santiago de Compostela, España.
R (grupo gallego del cable), área de Tecnologías de la Información, grupo de Sistemas Espaciales.
Labor: Mantenimiento de bases de datos y soporte al cliente.
Duración: 6 meses.
Año 2000. La Coruña, España.
FORMACIÓN ACADÉMICA
Diploma de estudios avanzados en Medicina Molecular.
Septiembre 2006. Universidad de Santiago de Compostela, España.
Master of Science en Biosistemas e Informática.
Septiembre 2003. University of Liverpool, Reino Unido.
Licenciado en Ciencias Físicas, especialidad de Electrónica y Computación.
Septiembre 2000. Universidad de Santiago de Compostela, España.
COMPLEMENTOS DE FORMACIÓN
VII Internation Course of Massive Data Analysis.
Lugar: Centro de Investigación Príncipe Felipe. Valencia, España.
Duración: 40 horas.
Fecha: Marzo 2011.
Ensamblado y anotación de genomas empleando supercomputación.
Lugar: Instituto de Empresa de Segovia. Segovia, España.
Duración: 30 horas.
Fecha: Noviembre 2010.
EBI Bioinformatics Roadshow.
Lugar: Universidade de Santiago de Compostela. Santiago de Compostela, España.
Duración: 24 horas.
Fecha: Mayo 2009.
Entorno Estadístico R (EER).
Lugar: Universidade de Santiago de Compostela. Santiago de Compostela, España.
Duración: 30 horas.
Fecha: Julio 2008.
Seminario Tecnologías del Instituto Nacional de Bioinformática.
Lugar: Universidade de Santiago de Compostela. Santiago de Compostela, España.
Duración: 7 horas.
Fecha: Mayo 2008.
Programación paralela utilizando directivas OpenMP.
Lugar: Universidade de Santiago de Compostela. Santiago de Compostela, España.
Duración: 15 horas.
Fecha: Noviembre 2007.
Ensembl Genome Browser Workshop, y Ensembl Database and API Workshop.
Docentes: Xosé Fernández (EBI) e Ian Longden (EBI).
Lugar: Centro de Investigación Príncipe Felipe. Valencia, España.
Duración: 14 horas.
Fecha: Septiembre 2005.
PHP + MySQL: Webs en entorno LAMP.
Lugar: Aula de informática de la Universidad de Santiago de Compostela. Santiago de Compostela, España.
Duración: 20 horas.
Fecha: Mayo 2004.
Bioinformatics System Management Workshop promovido por el EMBnet.
Lugar: Université Libre de Bruxelles. Gosselies, Bélgica.
Duración: 20 horas.
Fecha: Abril 2004.
Curso de verano de Bioinformática promovido por la Fundación Alfredo Brañas y la Red Gallega de Bioinformática.
Lugar: Monasterio de Poio. Pontevedra, España.
Duración: 20 horas.
Fecha: Julio 2002.
Curso de Bioinformática.
Docentes: Roderic Guigó, Mar Albá y Robert Castell.
Lugar: facultad de Biología, Universidad Pompeu Fabra. Barcelona, España.
Duración: 85 horas
Fecha: Enero - Marzo 2002.
PROYECTOS
Análisis avanzado e interpretación de los datos producidos con sistemas de ultra-secuenciación de bajo coste para aplicaciones en el ámbito clínico (APLICLINICS LC-NGS).
Soporte bioinformático.
Entidad financiera: MICINN.
Investigador principal: INTEGROMICS SL.
Años 2011 - 2014. Santiago de Compostela, España.
Proyecto Gen-D-Res: Evaluación de la influencia del componente genético y de los niveles de vitamina D en la susceptibilidad individual y pronóstico de la infección por virus influenza, virus respiratorio sincitial y otros virus respiratorios.
Soporte bioinformático.
Entidad financiera: ISCIII (MICINN).
Investigador principal: Federico Martinón-Torres.
Años 2010 - 2012. Santiago de Compostela, España.
Genética y farmacogenética en cáncer colorrectal.
Soporte bioinformático.
Entidad financiera: ISCIII (MICINN).
Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez.
Años 2009 - 2013. Santiago de Compostela, España.
CIBER Enferemedades Raras
Soporte bioinformático.
Entidad financiera: ISCIII (MICINN).
Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez.
Años 2008 - actualidad. Santiago de Compostela, España.
Consolidación e estruturación de unidades de investigación competitivas: agrupacións estratéxicas.
Tratamiento de datos biológicos.
Entidad financiera: Xunta de Galicia y fondos FEDER.
Investigador principal: Carlos Diéguez.
Años 2009 - 2010. Santiago de Compostela, España.
Análise xenómica global (GWAs) nunha mostra de control da poboación galega para a procuera de xenes implicados en enfermidades complexas
Soporte bioinformático.
Entidad financiera: Xunta de Galicia.
Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez.
Años 2008 - 2011. Santiago de Compostela, España.
Aplicaciones biomédicas del estudio genómico poblacional del genoma mitocondrial.
Entidad financiera: Fundación Investigación Médica Mutua Madrileña Automovilística.
Investigador principal: Antonio Salas Ellacuriaga.
Años 2008 - 2010. Santiago de Compostela, España.
Centro Nacional de Genotipado (CeGen), Universidad de Santiago de Compostela.
Soporte bioinformático al nodo de Santiago del CeGen.
Entidad financiera: Fundación Genoma España.
Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez.
Años 2003 - 2009. Santiago de Compostela, España.
Axuda para grupos de investigación novos: Grupo Xenómica Comparada, Evolución Molecular e Bioinformática.
Entidad financiera: Programa da Promoción Xeral da Investigación do Plan Galego de IDIT. Consellería de Innovación y Comercio.
Entidades participantes: Xunta de Galicia y Universidad de Santiago de Compostela.
Investigador principal: Xulio Maside Rodríguez.
Años 2005 - 2006. Santiago de Compostela, España.
Estructura electrónica, magnetismo y magnetoresistencia de las multicapas Fe/Cr/Fe, Fe/Mn/Fe, Fe/Cu/Fe y Fe/Ag/Fe con técnicas ab initio usando DFT (teoría de la densidad del funcional).
Entidad financiera: Secretaría Xeral de Investigación e Desenvolvemento - Xunta de Galicia.
Investigador principal: Daniel Baldomir Fernández.
Años 2002 - 2005. Santiago de Compostela, España.
Animal Genomics Laboratory, University of Liverpool. Evaluación
Diseño e implementación de software bioinformático de detección de SNPs.
Junio - Septiembre 2003. Liverpool, Reino Unido.
Grup de Recerca en Informàtica Biomèdica, Institut Municipal d'Investigació Mèdica - Universitat Pompeu Fabra.
Colaboración con D. Roderic Guigó y D. Ferrán Sanz en labores de aplicación y desarrollo e implementación de recursos bioinformáticos.
Enero - Febrero 2002. Barcelona, España.
Departamento de Medicina Legal, facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela.
Colaboración con D. Ángel Carracedo en labores de automatización de rutinas de investigación y de laboratorio.
Septiembre - Diciembre 2001. Santiago de Compostela, España.
Departamento de Fisiología, facultad de Medicina de la Universidad de Santiago de Compostela.
Colaboración en labores técnicas y de programación con el doctor Francisco González.
Febrero - Mayo 2000. Santiago de Compostela, España.
PUBLICACIONES
Catelli ML, Alvarez-Iglesias V, Gomez-Carballa A, Mosquera-Miguel A, Romanini C, Borosky A, Amigo J, Carracedo A, Vullo C, Salas A.
The impact of modern migrations on present-day multi-ethnic Argentina as recorded on the mitochondrial DNA genome.
BMC Genet. 2011 Aug 30;12(1):77.
Haworth A, Bertram L, Carrera P, Elson JL, Braastad CD, Cox DW, Cruts M, den Dunnen JT, Farrer MJ, Fink JK, Hamed SA, Houlden H, Johnson DR, Nuytemans K, Palau F, Rayan DL, Robinson PN, Salas A, Schüle B, Sweeney MG, Woods MO, Amigo J, Cotton RG, Sobrido MJ.
Call for participation in the neurogenetics consortium within the Human Variome Project.
Neurogenetics 2011 Aug;12(3):169-73.
Amigo J, Salas A, Phillips C
ENGINES: exploring single nucleotide variation in entire human genomes.
BMC Bioinformatics 2011 Apr 19;12(1):105.
Chang CL, Cai JJ, Lo C, Amigo J, Park JI, Hsu SY.
Adaptive selection of an incretin gene in Eurasian populations.
Genome Res. 2011 Jan;21(1):21-32.
Salas A, Amigo J
A Reduced Number of mtSNPs Saturates Mitochondrial DNA Haplotype Diversity of Worldwide Population Groups.
PLoS One 2010 May 3;5(5):e10218. (10.1371/journal.pone.0010218)
JCR IF: 4.411
C. Phillips, L. Fernandez-Formoso, M. Garcia-Magariños, L. Porras, T. Tvedebrink, J. Amigo, M. Fondevila, A. Gomez-Tato, J. Alvarez-Dios, A. Freire-Aradas, A. Gomez-Carballa, A. Mosquera-Miguel, Á. Carracedo, M.V. Lareu
Analysis of global variability in 15 established and 5 new European Standard Set (ESS) STRs using the CEPH human genome diversity panel.
Forensic Sci. Int. Gene. 2010 (10.1016/j.fsigen.2010.02.003)
Ortiz-Barahona A, Villar D, Pescador N, Amigo J, del Peso L
Genome-wide identification of hypoxia-inducible factor binding sites and target genes by a probabilistic model integrating transcription-profiling data and in silico binding site prediction.
Nucleic Acids Res. 2010 Apr;38(7):2332-45.
JCR IF: 7.836
Amigo J, Phillips C, Salas T, Fernández Formoso L, Carracedo A, Lareu M
pop.STR - An online population frequency browser for established and new forensic STRs.
Forensic Sci. Int. Gene. Suppl. 2009 (10.1016/j.fsigss.2009.08.178)
JCR IF: 2.241
Amigo J, Phillips C, Salas A, Carracedo A
Viability of in-house datamarting approaches for population genetics analysis of SNP genotypes.
BMC Bioinformatics 2009 Mar 19;10 Suppl 3:S5.
JCR IF: 3.428
Amigo J, Salas A, Phillips C, Carracedo A
SPSmart: adapting population based SNP genotype databases for fast and comprehensive web access.
BMC Bioinformatics 2008 Oct 10;9:428.
JCR IF: 3.781
Morcillo-Suarez C, Alegre J, Sangros R, Gazave E, de Cid R, Milne R, Amigo J, Ferrer-Admetlla A, Moreno-Estrada A, Gardner M et al
SNP analysis to results (SNPator): a web-based environment oriented to statistical genomics analyses upon SNP data.
Bioinformatics 2008 Jul 15;24(14):1643-4.
JCR IF: 4.328
Amigo J, Phillips C, Lareu M, Carracedo A
The SNPforID browser: an online tool for query and display of frequency data from the SNPforID project.
Int J Legal Med 2008 Sep;122(5):435-40.
JCR IF: 2.574
PARTICIPACIÓN EN EVENTOS
C. Phillips, J. Amigo, A. Salas.
Exploring 1000 Genomes Data For Forensic Purposes Using The ENGINES SNP Browser.
Poster en ISFG.
Septiempbre 2011. Viena, Austria.
Next-Generation DNA Sequencing.
Enero 2010. Londres, Reino Unido.
II Jornada Gallega de Bioinformática.
Organizing committee.
Diciembre 2009. Santiago de Compostela, España.
HVP - Spotlight on Neurogenetics.
Octubre 2009. Honolulu, Hawaii.
J. Amigo, C. Phillips, A. Salas.
Viability of In-House Datamarting Approaches for Population Genetics Analysis of SNP Genotypes.
Presentación oral en DTMBIO 2008.
Octubre 2008. Napa, EEUU.
J. Amigo, A. Salas, C. Phillips, Á. Carracedo.
The SPSmart SNP allele frequency browser: an online tool for forensic SNP marker development.
Poster en DNA in Forensics.
Mayo 2008. Ancona, Italia.
Jorge Amigo, Antonio Salas, Christopher Phillips and Ángel Carracedo.
SPSmart: a data mining tool for retrieving data from populational databases.
Poster en VIII Jornadas de Bioinformática.
Febrero 2008. Valencia, España.
Jorge Amigo-Lechuga, Christopher Phillips and Ángel Carracedo.
SNPforID Browser: graphical display of the SNPforID project results.
Poster en BIRD'07.
Marzo 2007. Berlin, Alemania.
J. Amigo-Lechuga, and Carracedo, A.
GDF: A High-Throughput Multiplatform Genotyping Filter.
Poster en ECCB05.
Septiembre 2005. Madrid, España.
Amigo-Lechuga, J. and Carracedo, A.
GDF: A High-Throughput Multiplatform Filter for Genotyping Data.
Poster en Genomic Studies and the HapMap, International Haplotype Map Project Conference.
Marzo 2005. Oxford, Reino Unido.
J. Amigo-Lechuga, F. Barros, C. Ruiz-Ponte, M. Torres, I. Quintela, C. Phillips, A. Carracedo.
Filtrado automático de muestras con alteraciones genómicas en proyectos de genotipado de alto rendimiento basados en MALDI-TOF.
Poster en I Congreso Nacional sobre Farmacogenética y Farmacogenómica.
Enero 2005. Valencia, España.
F. Barros, C. Ruiz-Ponte, M. Torres, J. Amigo-Lechuga, I. Quintela, C. Phillips, A. Carracedo.
Análisis de alto rendimiento de deleciones y duplicaciones de interés clínico y farmacológico mediante MALDI-TOF.
Poster en I Congreso Nacional sobre Farmacogenética y Farmacogenómica.
Enero 2005. Valencia, España.
Chris Phillips, María Torres, Inés Quintela, Jorge Amigo-Lechuga, Angel Carracedo.
Establishing and Running a High-throughput SNP Genotyping Facility Using MALDI-TOF Spectrometry.
Poster en I Congreso Nacional sobre Farmacogenética y Farmacogenómica.
Enero 2005. Valencia, España.
Noyes H.A.; Kemp S.J.; Broadhead A.; Morton, I.G.; Amigo-Lechuga, J.; Hughes M.; Rennie K.
SNPLAD; A SNP Discovery Pipeline for Identifying Candidate SNP in Public EST Trace Files.
Poster en 18th International Mouse Genome Conference.
Octubre 2004. Seattle, EEUU.
IDIOMAS
Inglés: Fluído.
Italiano: Conocimientos básicos.
Español y Gallego: Lenguas maternas.
CONOCIMIENTOS INFORMÁTICOS
Sistemas operativos
Windows, Unix y Linux.
Lenguajes de programación
Perl, Java, Python, C++, Visual Basic, PHP, ASP, SQL, HTML, XHTML, CSS y XML.